欧美三区_成人在线免费观看视频_欧美极品少妇xxxxⅹ免费视频_a级毛片免费播放_鲁一鲁中文字幕久久_亚洲一级特黄

使用python實現BLAST

系統(tǒng) 1651 0

最近在自學python,又用python實現了一下BLAST。

這次更新了打分函數如下,空位罰分改為-5,但不區(qū)分gap open 和 gap extend。

使用python實現BLAST_第1張圖片

            
''''' 
@author: JiuYu 
''' 
 
def score(a,b):#scoring function 
  score=0 
  lst=['AC','GT','CA','TG'] 
  if a==b: 
    score +=2 
  elif a+b in lst: 
    score += -5 
  else: 
    score += -7 
  return score 
 
def BLAST(seq1,seq2):#Basic Local Alignment Search Tool 
  l1 = len(seq1) 
  l2 = len(seq2) 
  GAP =-5   #-5 for any gap 
  scores =[] 
  point =[] 
   
  for j in range(l2+1): 
    if j == 0: 
      line1=[0] 
      line2=[0] 
      for i in range(1,l1+1): 
        line1.append(GAP*i) 
        line2.append(2) 
    else: 
      line1=[] 
      line2=[] 
      line1.append(GAP*j) 
      line2.append(3) 
    scores.append(line1) 
    point.append(line2) 
   
  #fill the blank of scores and point 
  for j in range(1,l2+1): 
    letter2 = seq2[j-1] 
    for i in range(1,l1+1): 
      letter1 = seq1[i-1] 
      diagonal_score = score(letter1, letter2) + scores[j-1][i-1] 
      left_score = GAP + scores[j][i-1] 
      up_score = GAP + scores[j-1][i] 
      max_score = max(diagonal_score, left_score, up_score) 
      scores[j].append(max_score) 
       
      if scores[j][i] == diagonal_score: 
        point[j].append(1) 
      elif scores[j][i] == left_score: 
        point[j].append(2) 
      else: 
        point[j].append(3) 
         
  #trace back 
  alignment1='' 
  alignment2='' 
  i = l2 
  j = l1 
  print 'scores =',scores[i][j] 
  while True: 
    if point[i][j] == 0: 
      break 
    elif point[i][j] == 1: 
      alignment1 += seq1[j-1] 
      alignment2 += seq2[i-1] 
      i -= 1 
      j -= 1 
    elif point[i][j] == 2: 
      alignment1 += seq1[j-1] 
      alignment2 += '-' 
      j -= 1 
    else: 
      alignment1 += '-' 
      alignment2 += seq2[i-1] 
      i -= 1 
       
  #reverse alignment 
  alignment1 = alignment1[::-1] 
  alignment2 = alignment2[::-1] 
  print 'The best alignment:' 
  print alignment1 
  print alignment2 
 
seq1=raw_input('Please input your first sequences:\n') 
seq2=raw_input('input second sequences:\n') 
BLAST(seq1, seq2) 
          

運行結果:

使用python實現BLAST_第2張圖片

無疑python對字符串的處理更加強大,語言也更加簡單,優(yōu)雅。比如最后逆序輸出alignment,java我是單獨寫了一個逆序函數,而python只用一個語句就可以完成相同任務。

以上就是本文的全部內容,希望對大家的學習有所幫助,也希望大家多多支持腳本之家。


更多文章、技術交流、商務合作、聯系博主

微信掃碼或搜索:z360901061

微信掃一掃加我為好友

QQ號聯系: 360901061

您的支持是博主寫作最大的動力,如果您喜歡我的文章,感覺我的文章對您有幫助,請用微信掃描下面二維碼支持博主2元、5元、10元、20元等您想捐的金額吧,狠狠點擊下面給點支持吧,站長非常感激您!手機微信長按不能支付解決辦法:請將微信支付二維碼保存到相冊,切換到微信,然后點擊微信右上角掃一掃功能,選擇支付二維碼完成支付。

【本文對您有幫助就好】

您的支持是博主寫作最大的動力,如果您喜歡我的文章,感覺我的文章對您有幫助,請用微信掃描上面二維碼支持博主2元、5元、10元、自定義金額等您想捐的金額吧,站長會非常 感謝您的哦?。。?/p>

發(fā)表我的評論
最新評論 總共0條評論
主站蜘蛛池模板: 亚洲国产日韩在线观频 | 亚洲专区区免费 | 日本理论片中文在线观看2828 | 嫩草影院黄 | 久久九九国产精品怡红院 | 午夜精品一区二区三区免费视频 | 韩日美无码精品无码 | 夜色成人性y | 久久新网址 | 精品国产一区三区 | 日韩一区不卡 | 福利免费在线观看 | 91看片网| 奇米网狠狠 | 色婷婷一区二区三区四区 | 欧美视频网站在线观看 | 亚洲一区二区在线视频 | 加勒比 テカ痴女の猛烈交尾 | 久久亚洲精品国产亚洲老地址 | 亚洲欧美精品 | 蜜臀AV国产精品久久久久 | 在线成人av | 亚洲精品国产成人一区二区 | 亚洲精品免费在线视频 | 免费A片线观看成人在-杏TV | 国产丝袜在线 | 国产麻豆剧传媒精品好看的片 | 国产人妻精品无码AV在线浪潮 | 黑人巨大精品 | 色综合中文字幕 | 农村寡妇偷人高潮A片小说 午夜爱爱爱爱爽爽爽网站免费 | 色呦呦tv| 国产精品免费一级在线观看 | 欧美老妇交乱视频 | jiucao视频在线观看 | 色aaa| 日本高清www无色夜在 | 免费国产自久久久久三四区久久 | 午夜影音 | 国产一区二区三区免费 | 日产乱码卡1卡2卡三免费 |