之前介紹過單個nii文件轉換成png圖像:
https://www.jb51.net/article/165693.htm
這里介紹將多個nii文件(保存在一個文件夾下)轉換成png圖像。且圖像單個文件夾的名稱與nii名字相同。
import numpy as np import os #遍歷文件夾 import nibabel as nib #nii格式一般都會用到這個包 import imageio #轉換成圖像 def nii_to_image(niifile): filenames = os.listdir(filepath) #讀取nii文件夾 slice_trans = [] for f in filenames: #開始讀取nii文件 img_path = os.path.join(filepath, f) img = nib.load(img_path) #讀取nii img_fdata = img.get_fdata() fname = f.replace('.nii','') #去掉nii的后綴名 img_f_path = os.path.join(imgfile, fname) #創建nii對應的圖像的文件夾 if not os.path.exists(img_f_path): os.mkdir(img_f_path) #新建文件夾 #開始轉換為圖像 (x,y,z) = img.shape for i in range(z): #z是圖像的序列 silce = img_fdata[i, :, :] #選擇哪個方向的切片都可以 imageio.imwrite(os.path.join(img_f_path,'{}.png'.format(i)), silce) #保存圖像 if __name__ == '__main__': filepath = 'nii的文件夾' imgfile = 'image的文件夾' nii_to_image(filepath)
代碼是我自己寫的,用于處理ADNI的nii格式完全有效。
以上就是本文的全部內容,希望對大家的學習有所幫助,也希望大家多多支持腳本之家。
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